Santa Maria della Vittoria, consacrata nel 1496, è un edificio votivo voluto da Francesco II Gonzaga, IV marchese di Mantova, per celebrare la vittoria sul re di Francia Carlo VIII nella battaglia di Fornovo (6 luglio 1495). Dal 1499 i frati Eremitani di San Gerolamo si presero cura del tempietto, cui fu annesso un convento. Nel 1797, durante l'occupazione francese, la chiesa fu adibita a scopi militari e la pala del Mantenga qui esposta venne trafugata; ora è conservata al Louvre. Nel 1877 il Genio Militare Italiano rimaneggiò pesantemente l'interno suddividendolo in due piani destinati a magazzino. Dal 1899 fino a pochi anni fa quello superiore è stato occupato dall'asilo Strozzi Valenti Gonzaga. Il piano inferiore, dopo varie utilizzazioni, divenne sede, dal 1942 al 1986, di un laboratorio di verniciatura e cromatura.
Nel 2001 l'associazione di volontariato culturale Amici di Palazzo Te e dei Musei Mantovani ha stipulato col Comune di Mantova, una convenzione di concessione, a fronte della quale di è impegnata a far eseguire a proprie spese il progetto approntato dall'Amministrazione civica per il recupero di Santa Maria della Vittoria come museo di se stessa e come sala per conferenze, concerti, piccole mostre temporanee. L'edificio è stato completamente restaurato e bonificato; sono così tornati visibili gli affreschi di ispirazione mantegnesca delle pareti e della volta.
